Die Organe der Stiftung sind der Stiftungsrat mit 17 Mitgliedern, der Stiftungsvorstand und der Kurator.
Die Mitglieder der Organe führen ihre Geschäfte ehrenamtlich.
Der Stiftungsrat setzt sich aus 18 Mitgliedern zusammen.
Hier sind Natur-Schützer wie z. B. der NABU und Natur-Nutzer wie z. B. der Bauernverband, mehrere Landesinstitutionen und das saarländische Umweltministerium vertreten. Außerdem engagieren sich in einem Förderverein der Stiftung 20 Städte und Gemeinden sowie mehrere Unternehmen.
Stifter und Zustifter können nach der NLS-Satzung nur juristische Personen sein. Hierbei gibt es allerdings eine Ausnahme: Im Hinblick auf seine Verdienste als einer der Initiatoren der NLS wurde Dr. Rainer Wicklmayr als natürlicher Person der Status eines Stifters zugesprochen.
Der Stiftungsvorstand besteht aus fünf Personen und wird für einen Zeitraum von vier Jahren gewählt. Der saarländische Umweltminister kann auf Wunsch einen weiteren Vertreter in den Vorstand entsenden.
Die Mitglieder des Stiftungsrates sind:
Der Ehrenvorsitzende Dr. Rainer Wicklmayr (verstorben am 14. August 2020)
Ministerium für Umwelt, Klima, Mobilität, Agrar und Verbraucherschutz (Sebastian Thul)
Saarwald-Verein (Aribert von Pock)
NABU Landesverband Saarland (Dr. Julia Michely)
Vereinigung der Jäger des Saarlandes (Johannes Schorr)
Fischereiverband Saar (Bernd Hoen)
Verband der Gartenbauvereine Saarland/Rheinland-Pfalz (Clemens Lindemann)
Delattinia (Rolf Klein)
Bauernverband Saar (Alexander Welsch)
Landkreistag des Saarlandes (Heinz-Detlef Puff)
Neunkircher Zoologischer Garten (Dr. Norbert Fritsch)
Landesdenkmalamt (Dr. Rupert Schreiber)
Saarländischer Waldbesitzerverband (Anna von Schwind)
SaarForst Landesbetrieb (Thomas Steinmetz)
Arbeitskammer des Saarlandes (Christian Ott)
Landesentwicklungs-Gesellschaft Saarland (Jürgen Brettar)
Landesbetrieb für Straßenbau (Werner Nauerz)
BUND Landesverband Saarland (Christoph Hassel)